Tartuntataudit olivat suuri ongelma laitoksen alkuaikoina. Jo ensimmäisessä synnytyslaitoksessa oli eristyshuone. Uuden rakennuksen valmistumisaikaan, vuonna 1900, Heidekenillä oli eristysosasto pihapiirissä olevassa puurakennuksessa. Vuonna 1929, kun laitos sai lisäsiiven, sen alakertaan tuli eristysosasto.
Vakavia tartuntatauteja olivat kolera ja isorokko, jota tavattiin rokottamisesta huolimatta. Lavantautibakteereja eli todennäköisesti vielä 1800-luvulla kaupungin kaivoissakin ja pahoja lavantautiepidemioita oli Turussa mm. 1880 ja 1917. Myös ankaria lastentauteja, kuten tulirokkoa, kurkkumätää ja hinkuyskää oli ajoittain runsaasti liikkeellä.
Tuberkuloosi oli 1900-luvun alkupuolella vakavin tartuntatauti. Suomen väkiluvun ollessa silloin noin kolme miljoonaa oli kuolleisuus tuberkuloosiin pahimmillaan yli 8 000 vuodessa. Tärkeimpiä tavoitteita oli tartunnan estäminen lapsiin. Vuonna 1908 alettiin myydä postimerkkiä, jonka myynnistä osa käytettiin tuberkuloottisten lasten hoitoon. Vuodesta 1912 lähtien postimerkistä tuli joulupostimerkki.
Vastasyntyneinä sijaiskoteihin sijoitetut vauvat säilyivät kokonaan tartunnalta. Jos lapsi sijoitettiin vasta kahden – neljän kuukauden ikäisenä, kuolleisuus tuberkuloosiin oli
kymmenen prosenttia. Suomeen perustettiin vuodesta 1936 alkaen hoitolaitoksia, Joulumerkkikoteja, jonne tuberkuloosia sairastavien äitien vastasyntyneet lapset eristettiin heti syntymänsä jälkeen yhden – kahden vuoden ajaksi. Näihin lähetettiin Heidekenilläkin syntyneitä vauvoja. Vauvan kuljetus sujui varta vasten rakennetuissa puulaatikoissa, joissa vauva pysyi lämpimänä laatikon alaosaan sujautettavalla lämminvesipullolla.
Tuberkuloositilanne alkoi korjaantua Suomessa, kun 1940-luvulla alkanut tuberkuloosirokotus annettiin kaikille vastasyntyneille jo synnytyslaitoksella.